במידה וטיפול השורש הראשוני לקוי, מושארים חיידקים בתעלה (לאחר סיום טיפול השורש), חיידקים אלו מתרבים עד לכמות מספיקה כדי ליצור מחלה. אפשרות נוספת היא חדירתם דרך שולי כתר ומבנה. כאשר השיקום לקוי יכולים חיידקים מהרוק לחדור דרך שולי הכתר והמבנה ומשם סביב טיפול השורש בתעלות חודרים אל קצה השורש. תהליכים אלו לוקחים חודשים ולעיתים גם שנים עד להתבטאות מחלה פעילה.

דלקת בקצה שורש (שעבר טיפול שורש בעבר) היא תגובה חיסונית של הגוף לחיידקים בתוך התעלת השורש. כלומר, יש חיידקים בתוך התעלה שבקצה השורש המטופל והם "מטפטפים" אל העצם הסמוכה. הגוף נלחם למנוע את חדירתם לתןף הגוף ולצורך כך מגייס את תאי מערכת החיסון (תאי דלקת) כדי לתקוף את החיידקים. לצורך כך הגוף מפנה עצם מהאזור הסמוך, פותח כלי דם קרובים שמביאים את תאי הדקת, תאי החיסון. אם התגובה של הגוף חזקה, יווצר לחץ וכאב אך אם התגובה מתונה לא נרגיש את הדלקת והאזור יעבור הרס איטי.

משמעות הדבר היא שלעיתים יהיה כאב (דלקת חריפה) שיתריע על הנזק לעצם הסמוכה לשן אך ברוב המקרים לא יהיה כאב (דלקת כרונית). ככל שממתינים עם הטיפול, הנזק מצטבר ולבסוף ניתן להגיע למצב שחסר העצם גדול מידי מכדי לטפל ויש צורך לעקור את השן.

תאי החיסון לא יכולים להיכנס למקור הזיהום בתוך תעלה השור מכיוון שאין שם כלי דם (השן עברה טיפול שורש שהוציא את כלי הדם מהתעלה) ולכן הם מקיפים את קצה השורש ותוקפים את החיידקים ש"טפטפו" החוצה. אנטיביוטיקה גם היא אינה נכנסת לתוך התעלה ומגיעה דרך כלי הדם באזור לעצם הסמוכה. אנטיביוטיקה יכולה, אם כן, להפוך דלקת חריפה וכואבת לדלקת כרונית ושקטה, אך תהליך ההרס בקצה השורש ממשיך ומתרחב ככל שהזמן חולף.

הטיפול היחיד הוא טיפול בחיידקים בתוך התעלה וזאת ע"י

1. חידוש טיפול השורש, סילוק המילוי (סתימת השורש) בתעלה וניקוי ואיטום מחודש של התעלה לכל אורכה (להרחבה לחץ כאן)

2. אפיסקטומי – טיפול שורש כירורגי – הגעה לקצה השורש דרך החניכיים, ניקוי ואיטום התעלה בקצה השורש ללא פגיעה בכתר (להרחבה לחץ כאן)