בפוסטים קודמים תיארתי בהרחבה מה מתרחש מתחת לפני השטח כאשר ממתינים, נמנעים ולא מגיעים לטיפול שורש מוקדם. 

הזיהום, החיידקים, לא נחים לרגע. ככל שעובר הזמן, הם מתרבים, מפרקים את חומר השן, משתלטים על אזורים עמוקים בתוך השן (אזור הלשכה והתעלות) ומתפזרים לאזור החניכיים והעצם הסמוכים. ניתן להרחיב בפוסט הבא.

התגובה של הגוף היא תגובה חיסונית, דלקת. בהתחלה דלקת פנימית (בתוך פנים השן) ולאחר מכן דלקת חיצונית בחניכיים, סביב השורש ובייחוד מול קצה השורש בעצם הסמוכה. ניתן להרחיב בפוסט הבא.

כל החמרה במצבה של השן והעמקת הזיהום בתוכה מביא באופן ישיר ושקט לירידה בסיכויי שימור השן לטווח ארוך.

נציין בקצרה את התהליכים המתרחשים :

1. התרחבות העששת – עששת (חור בשן) זה תהליך פרוק חומר השן ע"י חומצה שמפרישים החיידקים. ככל שעובר הזמן, כך אנו מאבדים יותר חומר שן. במקרה הגרוע ביותר, לא ניתן יותר לשמר את השן ויש לעקור אותה. הסיבה לעקירה היא לא חוסר היכולת שלי לבצע טיפול בשורש אלא חוסר היכולת של הרופא המשקם (שבונה את הכתר) לבנות אותה מחדש כך שתעמוד בכוחות הלעיסה לאורך זמן.
2. חדירה העמקת הזיהום בתוך השן – במהלך טיפול שורש אנו מנקים את השן מהזיהום שחדר אל הלשכה ואל התעלות. בסיום הטיפול אנו מבצעים איטום לתעלות כדי למנוע חדירת חוזרת של זיהום. ככל שנדחה טיפול בשן מזוהמת, כך יעמיק הזיהום ויקשה עלינו להשיג ניקוי מיטבי ולכן יוריד את סיכויי הצלחת הטיפול.
3. פגיעה בחניכיים – במידה ולא נטפל בעששת עמוקה בהקדם, עלולה להתרחש דחיסת מזון בין השיניים, הופעת כאבים מיותרים ונסיגת חניכיים מקומית. במקרים מסוימים, עלולה להתרחש נסיגה משמעותית סביב השורש ואיבוד תמיכת עצם החשובה לשרידות השן לטווח ארוך.
4. כאבים – חוסר טיפול והתרחבות חדירת הזיהום יוביל לאירועים של כאבים חריפים (התלקחות). רמת זיהום גבוהה בתעלות מעלה גם את הסיכוי להתלקחות (כאבים חריפים) עם סיום ביצוע טיפול השורש. 
5. מורכבות טיפול השורש – ככל שמצב השן, אזור הכותרת והשורשים, מזוהם יותר, כך מורכבת יותר ההתמודדות שלנו כמטפלים. דוגמה אחת היא תהליך ספיגת קצה השורש שמתרחש ככל שלדקת קצה השורש אינה מטופלת מהר. מצב זה מקשה על ביצוע ניקוי ואיטום קצה השורש ומוריד לכן, את סיכויי הצלחת הטיפול.