גילוי דלקת בקצה השורש מחייב תכנון דרך פעולה. האם לעקור, לבצע חידוש טיפול שורש או אפיסקטומי. מומחה לטיפולי שורש מבצע בדיקה קלינית, מעריך את צילומי הרנטגן (לעיתים מפנה לסיטי כדי לקבל תמונה תלת-מימדית) ומגיע לאבחנה ולדרכי הטיפול האפשריות. בחירת דרך הטיפול הנכונה היא השלב הקריטי ביותר ודורשת מומחיות ונסיון.